Boală ce apare prin mecanisme ce determină o nerecunoaştere şi luptă împotriva propriilor celule sau substanţe din organism  din partea sistemului imun.  In această categorie intră tiroidita Hashimoto, miastenia, scleroza multiplă, diabetul tip I la copil, lupus eritematos, poliartrita reumatoidă. Dermatomiozita, etc. Tratamentul este simptomatic, nu cauzal, etiologic. Se folosesc scheme de tratament ce cuprind corticosteroizi, imunosupresie, plasmafereză pentru scăderea anticorpilor anti-celule sau substanţe proprii organismului.